sekwencjonowanie DNA

Sekwencjonowanie DNA: szybsze i tańsze?

Co prawda, od lat siedemdziesiątych XX wieku nie jest to już AŻ tak wielka przeszkoda, dzięki sekwencjonowaniu DNA. Metody sekwencjonowania DNA znacznie się rozwinęły na przestrzeni dziesięcioleci: wystarczy wspomnieć tutaj opracowanie automatów do sekwencjonowania. Ale w rzeczywistości, potrzeba aż 800 dni (dosłownie, powyżej 2 lat), aby tego typu urządzenie było w stanie ustalić porządek 3,2 mld baz, które tworzą ludzkie DNA. Sekwencjoniwanie DNA przez porynę?. Jedna z tych prac, opublikowana w przeglądzie naukowym Nature Biotechnology, odwołuje się do pomocy białka porynowego oraz do motoru molekularnego.

Czytaj więcej na ten temat: Sekwencjonowanie DNA: szybsze i tańsze?

Zdjęcia dla "sekwencjonowanie DNA"

Szerokopasmowe sekwencjonowanie E. coli: w kierunku medycyny spersonalizowanej

W porównaniu, sekwencjonowanie szczepu O104 bakterii Escherichia coli, zrealizowane w Niemczech, zostało przeprowadzone z chipem DNA 314, który generuje 10 megabaz na jeden run. Jesteśmy pierwszymi na świecie, którzy użyli przedpremierowo chip DNA 316, który pozwala na otrzymanie 100 megabaz na jeden run, czyli na serię sekwencji, gratuluje sobie badacz z Gènes Diffusion. Szerokopasmowe sekwencjonowanie genomu szczepu O157 Escherichia coli, który jest przyczyną syndromu hemolityczno-uremicznego (na przykład, ostatnia epidemia zatruć pokarmowych we Francji), zostało zrealizowane w ciągu trzech dni przez Instytut Pasteur w Lille. Sekwencjonowanie szerokopasmowe jest teraz bardziej dostępne ekonomicznie, kontynuuje Christophe Audebert. Różnica p. H w ten sposób wytworzona pozwala na identyfikację baz nukleotydowych składających się na analizowane fragmenty DNA.

Czytaj więcej na ten temat: Szerokopasmowe sekwencjonowanie E. coli: w kierunku medycyny spersonalizowanej

Nagroda dziesięć milionów dolarów za sekwencjonowanie genomu stulatków

Selekcja stulatków, których DNA zostanie przesłane zawodnikom w dniu 3 stycznia 2013 roku, już się zaczęła. Konkurs skończy się miesiąc po dostarczeniu DNA do badaczy. . Prywatna fundacja X Prize właśnie postawiła wyzwanie przed badaczami: wyciągnąć na światło dzienne sekret długowieczności, poprzez sekwencjonowanie genomu stulatków, w bardzo ograniczonym czasie. Genom ludzki ma ponad sześć miliardów par nukleotydów, które składanią się na bazy DNA. Sprawa jest więc poważna i trudna.

Czytaj więcej na ten temat: Nagroda dziesięć milionów dolarów za sekwencjonowanie genomu stulatków

Sekwencjonowanie genomu: za rok, wyniesie nas to 1000 dolarów

Albowiem, jeszcze przed założeniem Ion Torrent, był on również założycielem innej firmy, która zapisała się w dziedzinie sekwencjonowania DNA i której zawdzięczamy sekwencjonowanie genomu człowieka neandertalskiego oraz Jamesa Watsona. Rozpoczęte już dwadzieścia lat temu, pierwsze sekwencjonowanie genomu ludzkiego kosztowało 3 miliardy dolarów i zajęło ponad dziesięć lat. Puszka Pandory może więc wkrótce zostać otwarta. Spersonalizowane leczenie raka za dwadzieścia lat?. Skąd takie czarnowidztwo? Ponieważ, nawet jeśli znajomość genomu każdego człowieka powinna – teoretycznie – pozwolić przewidzieć różne predyspozycje, takie jak te, związane z rakiem albo z chorobami genetycznymi, to jednakże bardzo łatwo możemy sobie wyobrazić, iż może ona stać się także przyczyną wszelkiego rodzaju dyskryminacji.

Czytaj więcej na ten temat: Sekwencjonowanie genomu: za rok, wyniesie nas to 1000 dolarów

Naukowcy w poszukiwaniu sekretu długiego życia w DNA seniorów

On, a także 100 innych stulatków bierze udział w projekcie, który będzie badał niektórych najstarszych obywateli, przy pomocy jednego z najnowocześniejszych narzędzi: sekwencjonowanie całego genomu, czyli rozszyfrowanie całego DNA danej osoby. Ochronne zalety DNA stulatków mogą nawet pokonać „mniej niż idealny” styl życia, mówi doktor Nir Barzilai z Kolegium Medycyny Alberta Einsteina (Alberta Einsteina College of Medicine) w Nowym Jorku. Jedna z jej sióstr zmarła w wieku 102 lat, a jeden z jej braci ma aktualnie 105 lat i w dalszym ciągu świetnie się bawi. X Prize Foundation, najlepiej znana z konkursu na załogowy statek kosmiczny, oferuje teraz 10 milionów dolarów badaczom, którzy rozszyfrują kompletny kod DNA 100 starszych ludzi (powyżej 100 lat). Dlatego też George Eberhardt zgodził się podarować swoje DNA dla dobra nauki.

Czytaj więcej na ten temat: Naukowcy w poszukiwaniu sekretu długiego życia w DNA seniorów

DNA w kodzie kreskowym

Technika ta, rozwinięta dzięki nanofluidom, na Uniwersytecie w Lund w Szwecji, pozwala otrzymać obraz DNA pod postacią kodów kreskowych, specyficznych dla układu nukleotydowego DNA. Następnie, proces opiera się na właściwościach fizycznych DNA. Cztery nukleotydy, podstawowe części DNA, czyli adenina, tymina, cytozyna i guanina, tworzą pary baz, które łączą dwie części DNA. W zależności od zastosowanej temperatury w stosunku do danej molekuła DNA, dwa fragmenty DNA są mniej lub bardziej trwale sparowane, co przypomina nieco zepsuty zamek błyskawiczny, który otwiera się bądź zamyka w różnych miejscach. Substancja ta została wprowadzona w strefy o podwójnych fragmentach DNA.

Czytaj więcej na ten temat: DNA w kodzie kreskowym

Sekwencjonowanie gąbek

Sekwencjonowanie takiego organizmu powinno więc przynieść istotne informacje dotyczące koncepcji życia wielokomórkowego prymitywnego, a przede wszystkim informacje dotyczące genów koniecznych i wystarczających do tego, aby pojawił się organizm złożony z milionów wyspecjalizowanych komórek, pracujących wspólnie nad jednym celem – nad utrzymaniem kolonii komórek przy życiu. Jest to długość, podczas której większość zmian genetycznych zaobserwowanych u bytów jednokomórkowych oraz u ludzi miała miejsce. Poza tym, że prace te przyniosły podwaliny do teorii ewolucji tkankowców, naukowcom udało się także odkryć coś, co może szczególnie mocno zainteresować biologów. Przejście między życiem jednokomórkowym do życia wielokomórkowego trwało prawdopodobnie między 150 a 200 milionów lat, według szacunków uczonych. Wydawać by się mogło, że gąbka stanowi organizm bardziej kompleksowy, niż wcześniej myślano oraz, że sama gąbka pochodzi od komórek na wyższym poziomie rozwoju.

Czytaj więcej na ten temat: Sekwencjonowanie gąbek

Testy genetyczne: twoje DNA może cię zawieść

Ale problemem jest to, że mniej niż jedna kobieta na 1000 ma tę mutację. W takich sytuacjach, test te naprawdę ratują życie. Wyniki te są tak wysokie, że kobiety, u których zostaną wykryte te mutacje, często wybierają usunięcie jajników i piersi, zanim w ogóle pojawi się nowotwór. Jeżeli kobieta urodzona jest z jedną z tych mutacji, jest ona o 35% - 84% bardziej zagrożona rakiem piersi do 70 roku życia, a także od 10% do 50% rakiem jajnika. A nawet, od przypadkowych wydarzeń, takich jak mutacje zdarzające się w naszym ciele w ciągu naszego życia.

Czytaj więcej na ten temat: Testy genetyczne: twoje DNA może cię zawieść

Sekwencjonowanie flory jelitowej: projekt ambitny i obiecujący

Sekwencjonowanie, mapa oraz dokładna identyfikacja genów bakterii naszej flory jelitowej: taki jest właśnie ambitny projekt francuskiego instytutu INRA (Narodowy Instytut Badań Agronomicznych, Institut national de la recherche agronomique), który chce badać choroby zapalne przewlekłe jelit, na które cierpi wiele Francuzów (i nie tylko). I wiemy, iż są one częściowo wywołane z powodu braku równowagi w naszej florze jelitowej. W bardzo bliskiej przyszłości, i dzięki chipom DNA, będzie możliwe określenie naszego własnego profilu bakteryjnej flory jelitowej. Wiemy, jakie są mechanizmy leżące u źródła chorób zapalnych przewlekłych jelit. Nasze badania mają na celu stworzenie mapy, ale także identyfikację jej ewentualnych związków z niektórymi schorzeniami.

Czytaj więcej na ten temat: Sekwencjonowanie flory jelitowej: projekt ambitny i obiecujący

Wielki mózg i penis bez kolców: wynik utraty części DNA u ludzi

Tyle fragmentów DNA utraconych przez Homo sapiens od czasów oddzielenia jego linii od linii szympansów. Entuzjastycznie, Svante Pääbo, wielki specjalista od sekwencjonowania DNA u człowieka neandertalskiego, komentuje to odkrycie w magazynie Nature, wyjaśniając, że te pierwsze rezultaty odnoszące się do dwóch sekwencji, są bardzo obiecujące, i podkreślając, iż pozostaje jeszcze kilka setek sekwencji do przebadania. Biolodzy odkryli 510 sekwencji nieobecnych w DNA ludzkim, ale obecnych u szympansów i innych ssaków. Ciekawy rezultat: sekwencja zainstalowana blisko genu AR powoduje powstawanie zrogowaciałych kolców na penisie samców oraz sprzyja wzrostowi wibryssów, czyli włosów czuciowych, tych długich wąsów, bardzo wrażliwych, obecnych na pyskach wielu ssaków. do embrionów myszy.

Czytaj więcej na ten temat: Wielki mózg i penis bez kolców: wynik utraty części DNA u ludzi

Właściwości DNA użyte do produkcji energii

Badacze francuscy z Tuluzy wpadli na pomysł, aby posłużyć się fragmentami DNA w celu produkcji energii, opierając się na powiązaniu aluminium oraz tlenku miedzi. Dwa fragmenty DNA komplementarne same się zbierają, aby stworzyć strukturę podwójnej helisy, i pozostają bardzo silnie do siebie przyklejone. Naukowcy zaczęli od oddzielnego przeszczepiania fragmentów DNA na nanoskopowe koraliki z aluminium i z tlenku miedzi. Aby upewnić się, iż zaistnieje powiązanie między tymi dwoma elementami, badacze uciekli się do pomocy właściwości klejących DNA. Komplementarne fragmenty każdego typu nanocząsteczek zebrały się więc, tworząc z pyłu aluminiowego i z pyłu z tlenku miedzi materiał gęsty i solidny, który może spontanicznie stanąć w płomieniach, kiedy jest podgrzany do 410 stopni Celsjusza.

Czytaj więcej na ten temat: Właściwości DNA użyte do produkcji energii

Wirusy przodków w DNA ssaków

Badaczom właśnie udało się odkryć wspólne wirusy w DNA wielu ssaków. A ponieważ, kontynuuje doktor Robert Belshaw, wirusy uznały, że środowisko DNA jest środowiskiem idealnym dla ich rozwoju, a w tak zwanym międzyczasie utraciły gen nazwany Env, który odpowiedzialny jest za transmisję między komórkami, wydaje się więc, że wirusy te uczestniczyły również w funkcjonowaniu ciała ludzkiego. Reszta, sklasyfikowana jako „DNA śmietnik”, nie ma w rzeczywistości poznanej funkcji. W każdym razie, naukowcy są coraz bardziej zainteresowani tymi wirusami endogennymi, co zresztą zrozumiałe. Wybór ten to albo zachowanie swojej natury wirusowej i rozprzestrzenianie się jak na prawdziwego wirusa przystało, bądź też zintegrowanie się z genomem i namnażanie się na jego łonie.

Czytaj więcej na ten temat: Wirusy przodków w DNA ssaków

Bezpłatne kursy badania DNA

Bezpłatne kursy dokształcające dla osób, które chcą zajmować się badaniami struktur DNA organizuje Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie. Kurs "Wykrywanie polimorfizmu, mutacji oraz sekwencjonowanie DNA" jest przeznaczony głównie dla osób zatrudnionych w instytutach i firmach działających na terenie województwa mazowieckiego. Kurs będzie odbywał się w dniach 24 - 26 marca 2006 roku. Zgłoszenia będą przyjmowane 18 lutego 2006 roku na Wydziale Nauk o Zwierzętach SGGW. Zajęcia będą prowadzone w grupach liczących maksymalnie 16 osób.

Czytaj więcej na ten temat: Bezpłatne kursy badania DNA

Nanoroboty DNA w terapiach antynowotworowych

Ze względu na ich naturę, możliwe jest, że bardzo szybko zniszczone zostaną przez nukleazy, czyli przez enzymy, które hydrolizują molekuły DNA. Zasada ta powstała w 2006 roku i polega na odtwarzaniu formy w 3D przy pomocy długiego łańcucha DNA wirusowego zaaranżowanego dzięki małym fragmentom nukleotydowymm które pełnią tutaj rolę zszywek. . Nanoroboty złożone z fragmentów DNA dostarczyły lekarstwa do komórek nowotworowych i podstępnie zniszczyły aż 50% z nich, pozostawiając w spokoju komórki zdrowe. Nanoroboty te zostały wymyślone przez naukowców z uniwersytetu w Harwadzie, na podstawie programu pozwlającego opracować tak zwane DNA origami (origami z DNA). Naukowcy rozważają więc teraz, żeby przebrać swój wynalazek w glikol polietylenowy, który jest molekułą używaną w farmakologii, w celu zwiększenia długości życia aktywnych związków i uchronienia ich przed strawieniem.

Czytaj więcej na ten temat: Nanoroboty DNA w terapiach antynowotworowych

DNA ujawnia zawartość greckich amfor

DNA przemówiło. Fragmenty DNA odnalezione w greckich amforach datowanych na około 2 400 lat, mają potwierdzać, że te naczynia nie służyły jedynie do transportowania wina i oliwy w obszarze Morza Śródziemnego. Jeszcze lepiej, ponieważ w 6 spośród nich znaleziono równiez fragmenty DNA pochodzącego z warzyw, tymianku, oregano, mięty, imbiru, a nawet jałowca. Wraz ze swoimi kolegami, dwójka badaczy opublikowała dziś artykuł odnoszący się do analizy fragmentów DNA odnalezionych w 9 greckich amforach, odkrytych w miejscach zatonięcia statków, w Morzu Śródziemnym, około V i III wieku. Widzieliśmy to ostatnio na przykładzie DNA człowieka neandertalskiego.

Czytaj więcej na ten temat: DNA ujawnia zawartość greckich amfor